La coopération judiciaire en matière pénale au sein de l'Union européenne est un domaine complexe, parfois fragmenté et qui complète les instruments usuels existants au sein d'autre espaces de collaboration (ONU, Conseil de l'Europe, OCDE). Face à l'augmentation de la criminalité transfrontière, l'un des défis de l'UE est de garantir une meilleure collaboration entre les États membres de l'Union et avec ses Institutions, qu'il s'agisse du mandat d'arrêt européen, de la reconnaissance mutuelle des décisions pénales, ou du Parquet européen. La force contraignante de la Charte des droits fondamentaux de l'UE, le développement des droits qu'elle contient, y inclus les droits procéduraux dans les enquêtes pénales complètent cette matière autonome et propre à l'UE. Parallèlement, le développement de la coopération nécessite l'harmonisation de la matière pénale relevant de l'Union. Les apports du traité de Lisbonne permettent à l'Union de légiférer par le biais de directives pour permettre une meilleure lutte dans les domaines les plus sensibles tels que le blanchiment, la fraude, le terrorisme, la corruption, les délits environnementaux, le racisme, la xénophobie, la cybercriminalité ou encore le génocide.
